医療法人にしない理由は？あえて個人経営を選ぶ判断軸を解説

顧問税理士から法人化を勧められたものの、周囲には個人経営のまま続ける開業医も多いため、判断に迷っている先生は少
なくありません。医療法人にしない主な理由は、剰余金配当の禁止・事務処理の増加・都道府県による監督強化の3点に集
約され、これらが節税メリットを上回るケースでは個人経営を続ける合理性があります。本記事では、医療法人にしない具
体的な理由から法人化のデメリット・メリット、判断すべきタイミング、法人化しないほうがよい開業医の特徴まで順に整
理し、自クリニックの規模と将来計画に照らした最適解を導き出せる構成にしています。

この記事の要約
・一般診療所の約37%は個人経営で、あえて医療法人化しない選択は珍しくない
・法人化しない主要な理由は、剰余金配当禁止・事務処理増加・都道府県の監督強化である
・法人化のデメリットは設立手続きの煩雑さ・運営コスト増・業務範囲の制限などがある
・年間事業所得1,800万円超・社会保険診療報酬5,000万円超が法人化検討の目安
・事業拡大や後継者への承継予定がない一代限りの開業医は、個人経営のまま続ける方が合理的

 

医療法人にしない開業医は約４割

医療法人にしない開業医は決して少数派ではなく、一般診療所の約4割は個人経営を続けています。厚生労働省の統計デー
タから、法人化と個人経営の割合を診療所種別に整理します。

参考：令和６（2024）年 医療施設(動態)調査･病院報告の概況

 

一般診療所の約３７%は個人経営が続いている

一般診療所全体の約37%は個人開業のまま運営されています。厚生労働省の令和6年医療施設調査によれば、一般診療所
105,207施設のうち、医療法人が約47,700施設で全体の45%、個人経営が約38,700施設で全体の37%を占めています。
医療法人化していない先生が全国に4万人近くいる事実は、法人化が必須の選択肢ではないことを示す客観的な根拠と
言えます。

 

歯科診療所では個人経営が７割超を占める

歯科診療所は個人経営の割合が7割超と、医療法人よりも圧倒的に多い状況です。歯科診療所66,378施設のうち、医
療法人は約17,000施設で全体の26%にとどまり、個人経営が約48,700施設で73%を占めています。歯科クリニックは
一般診療所と比べて事業規模が小さいケースが多く、法人化のコスト負担が節税効果を上回りやすいため、あえて
個人経営を選ぶ傾向が強まっていると考えられます。

 

開業医が医療法人にしない４つの理由

医療法人にしない理由は、大きく4つに分類できます。制度上の制約と運営面の負担が組み合わさっており、節税メリット
だけで判断できない構造になっています。

 

剰余金の配当が禁止されている

医療法人は非営利法人のため、利益を出資者へ配当することが医療法第54条で禁止されています。個人経営の場合、売上
から経費を差し引いた事業所得は事業主が自由に使えますが、医療法人では利益を施設の設備投資や内部留保に回すか、役
員報酬として支払う形しか認められません。稼いだ利益の使い道が制限される点は、個人経営と比べて経営の自由度を大き
く下げる要因になります。

参考：医療法

 

接待交際費の経費計上に上限がある

医療法人化すると、接待交際費として計上できる金額に法人税法上の上限が設けられます。個人事業主として開業している
場合は業務関連性があれば必要経費として柔軟に計上できますが、法人では年間の損金算入限度額が定められており、超過
分は経費として認められません。取引先との会食や情報収集のための支出が多い診療科では、この制限が実質的な税負担増
につながるケースもあります。

参考：No.5265 交際費等の範囲と損金不算入額の計算｜国税庁

 

定期報告や理事会など事務処理が増える

法人化により事務処理量が大幅に増加し、診療業務以外の負担が経営を圧迫します。年1回の決算届（事業報告書等の提出）
・資産総額の変更登記、2年に1回の役員（理事長）重任登記に加え、少なくとも年1回（モデル定款を採用する場合は年2回）
の定時社員総会の開催と議事録作成が義務付けられています。理事会も社員総会の前後などに必要に応じて開催し、議事録
を作成する必要があります。定款変更や所在地変更の都度手続きも必要となり、税理士や司法書士への外部委託費用も発生
することが一般的です。

参考：厚生労働省「医療法人の適正な運営に関するチェックリスト（組織・運営）」

 

都道府県による指導監督が厳しくなる

医療法人化すると、都道府県による経営状況のチェックと指導監督を定期的に受ける立場になります。事業報告書や経営情
報の提出が毎年義務化されており、運営の適正性が外部からチェックされる体制に組み込まれます。個人経営であれば経営
判断は院長の裁量で完結しますが、法人では外部の監督下で意思決定を進めるため、経営の柔軟性が損なわれると感じる先
生も少なくありません。

 

医療法人にするデメリット

法人化のデメリットは8項目に及び、これらが医療法人にしない実質的な理由を構成しています。制度・資金・運営・業務
範囲・出口戦略の観点から負担が生じます。

 

設立や運営管理の手続きが煩雑になる

医療法人の設立認可申請の受付回数は都道府県ごとに異なり、多くの自治体で年1〜2回程度に限られます。人的要件・施
設要件・資産要件を満たしたうえで、各都道府県のスケジュールに沿った申請が必要となるため、個人開業のように思い立
ってすぐに手続きを進めることはできません。設立後も定期報告や登記変更が継続的に発生するため、法人化前と比べて管
理業務の絶対量が増える点は避けられません。

 

社会保険加入で固定費が膨らむ

法人化に伴い社会保険と厚生年金への加入が義務化され、人件費の固定コストが増加します。社会保険料は給与のおよそ3
0%に相当し、そのうち半分を法人が負担する構造となるため、従業員数が多いほど負担額も比例して大きくなります。事
務手続きを税理士や社労士へ外部委託する場合は顧問料も追加で発生し、法人化前の運営コストとの差は無視できない水準
になります。

 

個人と法人の資金を分けて管理する必要がある

法人化以降は、院長個人の資金と法人の資金を明確に区分して管理する義務が生じます。法人資金を個人的な用途で使えば
法人からの借入金として処理され、繰り返せば金融機関の信用を損ない、新規融資の審査に影響することもあります。役員
報酬を増額して回避する方法もありますが、増額分に応じて所得税や住民税も上がるため、単純な解決策にはなりません。

 

運転資金の借入金は引き継げない

医療機器や内装などの設備投資に関わる借入金は法人へ引き継げますが、運転資金として借りた借入金は法人に引き継げま
せん。引き継げない借入金は院長個人が受け取る役員報酬から返済することになり、法人化後の資金繰りに影響します。開
業時から法人化を視野に入れている場合は、借入金の使途を設備投資と運転資金で明確に分けて調達することが重要です。

 

業務範囲が４類型に制限される

医療法人の業務は本来業務・附帯業務・附随業務・収益業務の4類型に区分され、社会医療法人以外は収益業務ができませ
ん。サプリメントの物販は患者向けに限定され通信販売は不可、不動産賃貸や駐車場経営も認められていないなど、事業の
多角化に大きな制約がかかります。将来的に医療以外の分野へ事業を広げたい構想がある場合、法人化はその選択肢を狭め
る判断になります。

参考：厚生労働省 医療法人の業務範囲

 

社員総会の議決で追い出されるリスク

医療法人の社員は社員総会で議決権を持ち、過半数の議決で理事長でも解任される仕組みになっています。個人経営では起
こり得ない、設立者自身が経営から排除される医療法人特有のリスクです。経営方針や利益配分を巡って社員間で対立が生
じた場合、最悪のケースでは設立者が医療法人から追い出される結果となることもあり、信頼できる社員構成の維持が経営
の生命線になります。

 

解散許可まで約半年かかる

医療法人の解散を決めた場合、都道府県への解散許可申請から許可が下りるまで約半年を要します。解散決議・解散許可申
請・法務局での解散登記・債務整理・残余財産の処分と、複数の法的手続きを順に進める必要があり、専門家のサポートも
欠かせません。個人経営であれば廃業手続きは比較的簡潔に済むため、この解散の重さは法人化を躊躇させる要因の一つで
す。

 

残余財産は出資者に戻らず国・自治体や他の医療法人に帰属する

持分の定めのない医療法人を解散した場合、残余財産は出資者に分配されません。医療法の定めにより、残余財産は定款で
定めた帰属先（国もしくは地方公共団体、または他の医療法人など一定の者）に帰属します。医療の公益性を維持するため
の制度設計であり、2007年4月以降に設立される社団医療法人はすべて持分の定めのない形態しか認められません。事前に
解散時期を見据えて役員報酬や退職金の支給計画で財産を残さないよう設計する対策はありますが、計画性を欠くと蓄積し
た資産が個人へ戻らない結果となります。

参考：医療法

 

医療法人にするメリット

法人化のデメリットが目立つ一方で、税負担の軽減や事業拡大のしやすさなど無視できないメリットも存在します。判断を
客観化するために、法人化で得られる主な利点も同じ粒度で確認します。

 

法人の実効税率は約３３〜３４%、高所得帯ほど個人より税負担を抑えやすい

個人開業医の場合、所得税の最高税率45%に住民税10%が加わり、最高で55%（表面税率）の累進課税が適用されます。
一方、法人税の基本税率は23.2%（中小法人は所得800万円以下の部分が15%）ですが、これはあくまで国税のみの税率
です。実際には地方法人税・法人住民税・法人事業税などが加わり、これらを合算した「法定実効税率」は資本金1億円
以下の中小法人でおよそ33〜34%となります。したがって「23.2%」と「55%」を単純に比較できるわけではありません
が、課税所得が大きい高所得帯ほど、個人の累進税率よりも法人の実効税率のほうが低くなり、法人化による税負担軽
減の余地が生まれます。

参考：法人課税に関する基本的な資料 : 財務省

参考：No.5759 法人税の税率｜国税庁

参考：No.2260 所得税の税率｜国税庁

 

給与所得控除を受けられる

法人化すると院長は法人から役員報酬を受け取る立場となり、給与所得控除の適用対象になります。個人事業主のままでは
事業所得として計算されるため給与所得控除は使えませんが、法人化により給与収入額に応じた控除が受けられるようにな
ります。事業所得と給与所得では控除の仕組みが根本的に異なるため、この控除の獲得は法人化ならではの税務メリットで
す。

参考：No.1410 給与所得控除｜国税庁

 

家族へ役員報酬や退職金を支払える

家族を医療法人の役員に就任させることで、役員報酬と退職金を経費として支払えるようになります。所得を院長一人に集
中させるより家族へ分散させたほうが累進課税の負担が軽くなり、世帯単位で見た手取り額が改善します。退職金には退職
所得控除が適用され、控除後の金額の半分のみが課税対象となる優遇があるため、勤続年数を活かした退職金支給は特に節
税効果が高い設計です。

参考：No.1420 退職金を受け取ったとき(退職所得)｜国税庁

 

分院展開や介護事業に広げやすい

法人化により、分院の開設や介護老人保健施設の運営など、事業拡大の選択肢が大きく広がります。個人経営では原則とし
て複数の診療所を運営できませんが、医療法人は複数施設の経営が可能で、地域医療への貢献範囲も拡大します。法人とし
ての社会的信用が金融機関からの評価にもつながり、大型の設備投資や新規施設の資金調達がしやすくなる点も見逃せませ
ん。

参考：医療法人の業務範囲

 

承継時の手続き負担を大きく減らせる

医院承継の場面では、医療法人のほうが手続きの負担を大幅に軽減できます。個人経営の承継は廃業と新規開設の手続きを
踏む必要があり、診療所開設許可・保険医療機関指定・従業員との雇用契約すべてを一から取り直さなければなりません。
一方、医療法人であれば法人格がそのまま存続するため、契約や資産を引き継いだまま承継できます。ただし、理事長交代
の登記だけで完了するわけではなく、都道府県知事への役員変更届、保健所への開設者変更届、厚生局への保険医療機関の
変更届といった行政手続きは必要です。それでも、ゼロから開設し直す個人経営の承継に比べれば、後継者の負担は格段に
小さく済みます。

参考：医療法人役員変更届|届出等様式|東京都保健医療局

【関連記事】承継開業とは？失敗しない手順とメリット・デメリットを解説｜医院・クリニックの開業支援 – スギ薬局
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医療法人化を検討すべきタイミング

法人化を検討する具体的な数値基準は、事業所得・社会保険診療報酬・設備の減価償却の3つに集約されます。感覚ではな
く数字に基づいて判断できるよう、それぞれの目安を整理します。

 

年間事業所得が１,８００万円を超えたとき

年間事業所得が1,800万円を超えると、法人化による節税効果が具体的に見えてきます。個人課税では、課税所得1,
800万円を超える部分に40%、4,000万円を超える部分には45%の所得税率が適用されます（いずれも別途住民
税10%）。法人化して院長が役員報酬を受け取る形にすると、その報酬は給与所得となり、給与収入に応じた給与所得控
除を受けられるようになります。事業所得が1,800万円を超える状態が継続的に見込めるなら、法人化の税務メリット
が運営コスト増を上回る可能性が高まります。

参考：No.2260 所得税の税率｜国税庁

 

社会保険診療報酬が５,０００万円を超えたとき

社会保険診療報酬が5,000万円を超えると、医師優遇税制の概算経費（租税特別措置法第26条）が使えなくなるため
、法人化のタイミングとして意識されます。この特例は、①社会保険診療報酬が5,000万円以下であること、②医業・
歯科医業から生じる事業所得に係る総収入金額（自由診療分を含む）が7,000万円以下であること、という2つの要件
をいずれも満たす場合に限り適用されます。したがって、社会保険診療報酬が5,000万円以下でも、自由診療を含めた
総収入が7,000万円を超える場合は利用できません。これらの基準を超えて概算経費が使えなくなると課税所得が実質
的に増えるため、法人化によって別の節税策へ切り替える判断が合理的になります。

参考：11医：社会保険診療報酬の所得計算の特例の存続【事後評価書】

 

医療機器の減価償却期間が終わるとき

開業時に導入した医療機器の減価償却期間が終わるタイミングも、法人化を検討する節目になります。医療機器の法定耐用
年数は機器の種類によって異なりますが、多くは6年程度です。償却期間が終わると毎年計上できていた減価償却費が経費
から外れるため、収益が同じでも課税対象額が上昇し、税負担が増加します。減価償却の効果が薄れる時期と重ねて法人化
を進めることで、税負担増を法人化のメリットで相殺する設計が可能になります。

参考：減価償却資産の耐用年数等に関する省令

 

医療法人にしないほうがいい開業医

すべての開業医に法人化が向いているわけではなく、事業計画や経営スタイル次第では個人経営を続けるほうが合理的です。
法人化しないほうがよい典型的なケースを3つ整理します。

 

事業拡大や分院展開の予定がない

分院展開や介護事業への進出予定がない先生は、法人化のメリットの多くを活かしきれません。法人格を持つ最大の利点
は、複数施設の運営や資金調達力の向上、社会的信用による事業拡大にあります。今の診療所1院で完結する経営を続ける
想定なら、法人化に伴うコストと事務負担ばかりが目立ち、実質的なメリットが得られにくい構造となります。

参考：医療法人の業務範囲

 

後継者がおらず一代で閉院を考えている

後継者不在で自身の代で閉院を予定している先生は、法人化を無理に進めるべきではありません。法人化の大きなメリット
である承継のスムーズさは、引き継ぐ相手がいて初めて活きる利点です。後継者がいないまま法人化を進めると、解散時に
残余財産が出資者本人には戻らず、国・地方公共団体・他の医療法人等に帰属するリスクや、都道府県知事の認可を要する
解散手続きに時間を要する負担だけが残ることになります。

 

事務処理の負担を避け診療に専念したい

事務処理の増加を避けて診療業務に専念したい先生も、法人化を見送るほうが賢明です。理事会・社員総会の運営、事業報
告書の提出、定款変更の都度の手続きは、想定以上に院長の時間を奪います。診療の質を最優先し、経営管理は最小限に抑
えたい方針の場合、個人経営を続けるほうがストレスが少なく本業に集中できる環境を維持できます。

 

医療法人化を判断する３つの視点

数値基準を満たしていても、法人化が正解とは限りません。定量的な節税額だけでなく、事業計画や出口戦略を含めた3つ
の視点で総合的に判断することが後悔のない意思決定につながります。

 

節税額から顧問料や社保負担を差し引いて考える

法人化の節税額は、額面通りではなく諸コストを差し引いた純額で評価する必要があります。法人税率の低下で得られる節
税メリットから、税理士や社労士への顧問料、社会保険料の法人負担分、司法書士報酬などの設立実費を差し引きます。差
し引き後もプラスが十分に残る規模でなければ、法人化の税務メリットは実質的に薄いと判断できます。

 

分院や介護事業への拡大意欲を明確にする

法人化を判断する前に、分院展開や介護事業への進出をどこまで本気で考えているかを言語化しましょう。「いつか広げた
い」といった漠然とした意欲だけで法人化を進めると、拡大が実現しないまま管理コストだけが積み上がる状態になります
。5年以内に具体的な事業計画として動く見込みがあるかを基準にすると、法人化の判断精度が上がります。

 

承継の有無と出口戦略から逆算する

出口戦略から逆算して法人化の要否を判断することも重要な視点です。後継者候補が明確で承継を前提とするなら法人化の
メリットは大きく、一代限りの経営なら個人継続が合理的です。第三者への譲渡を視野に入れている場合、医療法人のほう
が譲渡先の選択肢が広がり、事業価値も算定しやすくなるため、承継M&Aを想定した設計も判断材料の一つとなります。

 

まとめ

医療法人にしない選択は、剰余金配当禁止・事務処理増加・都道府県の監督強化という制度上の制約に加え、社会保険料負
担や業務範囲の制限まで総合的に見れば十分に合理的な判断です。年間事業所得1,800万円・社会保険診療報酬5,000万円と
いう数値基準を満たしていても、事業拡大の予定や後継者の有無次第で最適解は変わります。

法人化の判断には、税務・法務・承継戦略・物件契約など複数の専門領域が絡み合い、顧問税理士だけで完結しないケース
も少なくありません。開業から数年経ち、法人化を含めた次の経営フェーズを検討し始めた段階では、開業支援に精通した
専門家との情報整理が判断の精度を大きく高めます。

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